Úsek Nová Ves - Suchdol se příliš nejezdí, řeka je hodně zarostlá, bývá zde hodně popadaných stromů a jiných překážek.

Nejoblíbenější úsek vodáků, kde dosud úzká Lužnice meandruje divokou přírodou a listnatými lesy CHKO Třeboňsko. Pozor, v řece se občas mohou vyskytnout stromy. Na rozvodí se pak musíme rozhodnout, zda dále budeme pokračovat Starou nebo Novou řekou.

Úsek "Stará řeka" je plný říčních meandrů. Je vhodnější spíše pro zdatnější vodáky. V korytě řeky mohou být občas napadané stromy a hlavně budete muset přeplout rybník Rožmberk.

Pod rybníkem Rožmberk Lužnice teče mezi loukami, listnatými lesy a rybníky v rovinaté krajině Třeboňska až do Veselí nad Lužnicí, kde se do ní vlévá Nežárka.

Na střední toku v úseku Veselí - Tábor je Lužnice poměrně líná, proud je zpomalován četnými jezy, které jsou obvykle nesjízdné (suché a se zavřenými propustmi).Krajina je rovinatá, a řeka často protéká městskou zástavbou.

V Tábor - Bechyně je Lužnice rychlejší a vodácky zajímavější, užijete si i peřeje. V Táboře si užijete řadu jezů, od Harrachovky pak řeka teče krásným uzavřeným údolím, okolo zříceniny Příběnice. Tok zvolní mezi Bečicemi a Dobronicemi. V poslední části před Bechyní se pak řeka opět uzavírá a břehy lemují i pěkné skály.